COVID-19 viri
- COVID 19 sledilnik
- COVID.si - Skupnostna znanost za boj proti korona virusu
- Analiza podatkov in vizualizacija širjenja COVID 19 v Sloveniji - Alpaka Covid-19
- Napovedovalnik COVID 19 za Slovenijo
- NIJZ dnevno spremljanje okužb s COVID 19
- Publikacije na temo COVID 19, zavedene v COBISS
- Vse o COVID 19 - Ministrstvo za zdravje
- EU COVID 19 data portal
- OpenAire COVID 19 gateway
- COVID 19 data collections on Harvard Dataverse
- ECDC COVID 19 spletna stran
- John Hopkins COVID 19 sledilnik
- WHO COVID 19 spletna stran
- Figshare COVID-19 open research data
- Zenodo Coronavirus Disease Research Community
Infrastrukture
SLING – Slovenian national supercomputing network
Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje (SLING) je konzorcij za razvoj razpršenega računalništva in upravljanje superračunalniških infrastruktur v Sloveniji. Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje vodi Arnes, ki tudi zastopa Slovenijo v evropskih in svetovnih organizacijah ter v okviru iniciative uporabnikom zagotavlja osrednje nacionalne infrastrukturne storitve ter dostop do Arnesove gruče. Poslanstvo SLING je vzpostavitev trajne nacionalne infrastrukture grid in HPC z dostopom do skupnih nacionalnih in evropskih kapacitet za partnerske organizacije in uporabnike, vključevanje slovenske infrastrukture v evropsko, enakopravno sodelovanje v evropski iniciativi za grid European Grid Initiative, zagotavljanje pomoči pri vključevanju novih partnerjev, zagotavljanje organizacijske, infrastrukturne in arbitražne pomoči pri sklepanju dogovorov o sodelovanju med partnerji ter prenos tehnologije grid na nova aplikativna področja.
ELIXIR Slovenija (ELIXIR-SI) je slovensko vozlišče ELIXIR, ki ga koordinira Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta. Člani ELIXIR-SI so še mnoge druge vodilne slovenske raziskovalne organizacije, ki so podpisale Sporazum o delovanju slovenskega vozlišča.
ELIXIR-SI aktivno nadgrajuje obstoječo oz. vzpostavlja novo infrastrukturo v slovenskem raziskovalnem prostoru preko treh stebrov:
- nacionalna infrastruktura za pridobivanje visokogostotnih podatkov s pomočjo laboratorijskih visokozmogljivostnih tehnologij (genomske tehnologije),
- osrednje nacionalno podatkovno vozlišče za področje ved o življenju ter
- središče za izobraževanje in usposabljanje na področju ved o življenju za uporabo bioinformatskih orodij, analiz in storitev.
Vozlišča ELIXIR simajo na voljo široko paleto računalniških virov.
CLARIN.SI je slovenski nacionalni konzorcij v mreži evropske raziskovalne infrastrukture CLARIN.
Raziskovalcem na področju humanistike, družboslovja in drugih, z jezikom povezanih ved zagotavlja:
- jezikovne vire in tehnologije ter
- strokovno podporo in prenos znanja.
Na ta način želi razširiti tehnološke možnosti raziskovanja jezikov, predvsem slovenščine in drugih južnoslovanskih jezikov, ter spodbujati meddisciplinarno sodelovanje.
Konzorcij vključuje računalniške zmogljivosti nekaterih najmočnejših in najnaprednejših računalnikov na svetu. Zahtevati je mogoče dodelitev infrastrukture do 6 mesecev.
European Galaxy COVID-19 Project
Javno dostopna infrastruktura in delovni tokovi za analize podatkov SARS-CoV-2 z različnih znanstvenih področij (genomika, proteomika, metabolomika, kemijska informatika…).
Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE)
PRACE ponuja dostop do visoko zmogljivih računalniških virov za raziskovalce iz akademskih krogov in industrije. Prioritetno obravnava predloge projektov s področja pandemije COVID 19 in jim omogoča dostop do ustrezno zmogljih super računalniških kapacitet.
Znanstva literatura in tekstovni podatki
Veliko publikacij na temo COVID-19 je dosegljivih na:
Ta baza podatkov se posodablja s sistematičnim iskanjem različnih bibliografskih zbirk podatkov in ročnim iskanjem izbranih virov sive literature.
Velika zbirka znanstvenih člankov (trenutno več kot 130000), povezanih s koronavirusi iz PUMET, BIORXIV, MEDXRIV in drugih virov. Vsi članki so na voljo v formatu JSON.
Različica nabora podatkov CORD-19 s pomenskimi označitvami v formatu FHIR RDF.
Možen je prenos vseh Elsevierjevih člankov, povezanih s COVID-19 in drugimi viri.
A curated database of COVID-19 articles in PubMed compiled by the National Library of Medicine.
medRxiv and bioRxiv COVID-19 preprints
Combined page for all COVID-19 publications posted on medRxiv and bioRxiv.
Podatki
Klinični podatki in klinični preizkusi
Register kliničnih preizkusov v ZDA.
Podatkovna baza kliničnih preizkusov v Evropski uniji.
Klinični preizkusi vezani na COVID-19 po svetu.
International Clinical Trials Registry Platform
Podatkovna baza klničnih preizkusov, ki ji beleži WHO. Poglejte tudi https://apps.who.int/trialsearch/.
Anonimiziran register s podatki iz 200 bolnišnic o COVID-19 pacienti.
Epidemiološki podatki in podatki o mobilnosti
COVID-19 Global Forecasting Kaggle Competition
Učni in tesrtni podatki za tedenska tekmovanja v napovedovanju novih primerov in smrti zaradi COVID-19.
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
Poročila o COVID-19 primerih po svetu.
GISAID/Nexstrain genomic epidemiology
Razvoj in razširjanje genotipov SARS-CoV-2 po vsem svetu.
Poglejte tudi https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/.
Podatki o mobilnosti oseb v času pandemije COVID-19 na podlagi podatkov iz Google Maps.
Podatki o mobilnosti oseb v času pandemije COVID-19 na podlagi podatkov iz Apple Maps.
Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME) - COVID19 Projections
Predikcije primerov, testiranj, smrti in zahtevanih bolnišničnih virov.
Johns Hopkins COVID-19 Dashboard
Poglejte tudi https://systems.jhu.edu/research/public-health/ncov/.
COVID-19 statistika po svetu.
Ta podatkovna zbirka je zbirka več kot 200 javno dostopnih nizov podatkov COVID-19 iz virov, kot so Johns Hopkins, WHO, Svetovna banka, New York Times in mnogi drugi. Vključuje podatke o najrazličnejših statističnih podatkih in kazalcih, kot so lokalne in nacionalne stopnje okužbe, globalne politike socialnega distanciranja, geoprostorski podatki o gibanju ljudi in drugo. Podatki prihajajo iz tekmovanja Kaggle, ki ga organizira Roche Data Science Coalition (RDSC), ki vključuje številne naloge, ki so jih razvili in ocenili svetovni ponudniki zdravstvenih storitev, bolnišnice, dobavitelji in oblikovalci politik.
Slikovni podatki
Strukturirani podatki
Deepmind structure predictions
Structure predictions for COVID-19-related proteins from AlphaFold.
Results from a large crystallographic fragment screen against the SARS-CoV-2 main protease (MPro, PDB ID: 6YB7) conducted by XChem at the Diamond Light Source.
Družboslovni podatki
Arhiv družboslovnih podatkov (ADP)
Podatki za analizo družbenih vidikov bolezni COVID-19 so shranjeni v Arhivu družboslovnih podatkov. V tematski zbirki podatkov COVID-19 so uporabnikom na voljo metapodatki, podatki in spremna dokumentacija raziskav. Narejen je tematski pregled raziskav iz kataloga ADP, ki jih je mogoče povezati z aktualnimi razmerami.
Podatki o COVID-19 v katalogu CESSDA
V konzorciju CESSDA so na temo Covid-19 objavili pregled podatkov in projektov s področja družboslovja iz različnih evropskih držav.
Shranjeni podatki o COVID-19 na ICPSR, ZDA
Na osrednjem podatkovnem arhivu za družboslovje v ZDA prevzemajo podatke o družbnih vidikih v obdobju pandemije.
Tools and other resources
Artificial intelligence models
A BERT base model fine-tuned on COVID-19-related texts for natural language processing.
Other COVID-19 tools
Repository for cell-specific expression data.
The COVID-19 Disease Map is an assembly of molecular interaction diagrams, established based on literature evidence. The focus is on host-pathogen interactions specific to the SARS-CoV-2 virus.
General tools
BIAFLOWS is an open-source web platform to benchmark and reproducibly deploy Bio Image Analysis (BIA) workflows.
Bioimage Informatics Search Engine (BISE)
BISE is a search engine for tools, training materials and data for bioimage analysis.
ImJoy is a plugin powered hybrid computing platform for deploying deep learning applications such as advanced image analysis tools.
scispaCy is a Python package containing spaCy models for processing medical text.
spacy is a natural language processing library which integrates deep learning models for a variety of text analysis tasks.
Discussion groups, online workshops, networks
A platform that connects COVID-19 researchers with expert volunteers from various domains.
A forum that connects clinicians, virologists, immunologists with machine learners, bioinformaticians, epidemiologists and statisticians. For posting questions and finding collaborations.
ELLIS against COVID-19 online workshops
This series of online workshops presents projects on how to tackle COVID-19 using methods of machine learning and AI, carried out by leading international researchers. Research topics include outbreak prediction, epidemiological modelling, drug development, viral and host genome sequencing, and health care management. Meetings can be attended by live streaming or watched as recordings.
The forum’s focus is software-oriented aspects of scientific imaging, particularly (but not limited to) image analysis, processing, acquisition, storage, and management of digital scientific images. It is the primary discussion forum of the bioimaging community.
NEUBIAS is a network of bioimage analysts in Europe, aiming at strengthening the bridge between life science, computer science and digital image processing. It also offers many training activities including online workshops and a YouTube channel.
Training and teaching resources
Recordings from workshops presenting different AI projects related to COVID-19.
Collection of tutorials developed and maintained by the worldwide Galaxy community.
Videos related to bioimage analysis.
Link lists with COVID-19 projects and resources
Aitslab COVID-19 Resource List
List of COVID-19 resources curated by the Cell Death, Lysosomes and Artificial Intelligence Group at Lund University.
data-against-covid.org community wiki
A list of data, services and other resources compiled by the data-against-covid.org community.
Secondary data and statistics sources for COVID-19 researchers compiled by the CDC.
A global collection of Open Source projects related to COVID-19.
Hack the Crisis – Inspiration & resources
A list of resources compiled to support participants of the Swedish Hack the Crisis hackathon.
COVID-19 Biohackathon Resources
A list of resources compiled to support participants of the COVID-19 Biohackathon.
A curated list of open funding calls and other support for researchers, non-profit organizations and commercial organizations, specifically for COVID-19 research.