Skip to main content

COVID 19 Viri

COVID-19 viri

Infrastrukture

 

SLING – Slovenian national supercomputing network 

Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje (SLING) je konzorcij za razvoj razpršenega računalništva in upravljanje superračunalniških infrastruktur v Sloveniji. Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje vodi Arnes, ki tudi zastopa Slovenijo v evropskih in svetovnih organizacijah ter v okviru iniciative uporabnikom zagotavlja osrednje nacionalne infrastrukturne storitve ter dostop do Arnesove gruče.  Poslanstvo SLING je vzpostavitev trajne nacionalne infrastrukture grid in HPC z dostopom do skupnih nacionalnih in evropskih kapacitet za partnerske organizacije in uporabnike, vključevanje slovenske infrastrukture v evropsko, enakopravno sodelovanje v evropski iniciativi za grid European Grid Initiative, zagotavljanje pomoči pri vključevanju novih partnerjev, zagotavljanje organizacijske, infrastrukturne in arbitražne pomoči pri sklepanju dogovorov o sodelovanju med partnerji ter prenos tehnologije grid na nova aplikativna področja.

ELIXIR Slovenija

ELIXIR Slovenija (ELIXIR-SI) je slovensko vozlišče ELIXIR, ki ga koordinira Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta. Člani ELIXIR-SI so še mnoge druge vodilne slovenske raziskovalne organizacije, ki so podpisale Sporazum o delovanju slovenskega vozlišča.

ELIXIR-SI aktivno nadgrajuje obstoječo oz. vzpostavlja novo infrastrukturo v slovenskem raziskovalnem prostoru preko treh stebrov:

  1. nacionalna infrastruktura za pridobivanje visokogostotnih podatkov s pomočjo laboratorijskih visokozmogljivostnih tehnologij (genomske tehnologije),
  2. osrednje nacionalno podatkovno vozlišče za področje ved o življenju ter
  3. središče za izobraževanje in usposabljanje na področju ved o življenju za uporabo bioinformatskih orodij, analiz in storitev.

ELIXIR Računalniški viri

Vozlišča ELIXIR simajo na voljo široko paleto računalniških virov.

CLARIN.SI

CLARIN.SI je slovenski nacionalni konzorcij v mreži evropske raziskovalne infrastrukture CLARIN.

Raziskovalcem na področju humanistike, družboslovja in drugih, z jezikom povezanih ved zagotavlja:

Na ta način želi razširiti tehnološke možnosti raziskovanja jezikov, predvsem slovenščine in drugih južnoslovanskih jezikov, ter spodbujati meddisciplinarno sodelovanje.

COVID-19 HPC konzorcij

Konzorcij vključuje računalniške zmogljivosti nekaterih najmočnejših in najnaprednejših računalnikov na svetu. Zahtevati je mogoče dodelitev infrastrukture do 6 mesecev.

European Galaxy COVID-19 Project

Javno dostopna infrastruktura in delovni tokovi za analize podatkov SARS-CoV-2 z različnih znanstvenih področij (genomika, proteomika, metabolomika, kemijska informatika…).

Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE)

PRACE ponuja dostop do visoko zmogljivih računalniških virov za raziskovalce iz akademskih krogov in industrije. Prioritetno obravnava predloge projektov s področja pandemije COVID 19 in jim omogoča dostop do ustrezno zmogljih super računalniških kapacitet.

Znanstva literatura in tekstovni podatki

Veliko publikacij na temo COVID-19 je dosegljivih na:

CDC COVID-19 Research Articles

Ta baza podatkov se posodablja s sistematičnim iskanjem različnih bibliografskih zbirk podatkov in ročnim iskanjem izbranih virov sive literature.

CORD-19 dataset

Velika zbirka znanstvenih člankov (trenutno več kot 130000), povezanih s koronavirusi iz PUMET, BIORXIV, MEDXRIV in drugih virov. Vsi članki so na voljo v formatu JSON.

CORD-19-on-FHIR

Različica nabora podatkov CORD-19 s pomenskimi označitvami v formatu FHIR RDF.

Elsevier Novel Coronavirus Information Centre

Možen je prenos vseh Elsevierjevih  člankov, povezanih s COVID-19 in drugimi viri.

LitCovid

A curated database of COVID-19 articles in PubMed compiled by the National Library of Medicine.

medRxiv and bioRxiv COVID-19 preprints

Combined page for all COVID-19 publications posted on medRxiv and bioRxiv.

WHO podatkovna baza publikacij, ki obravnavajo COVID-19 

Podatki

Klinični podatki in klinični preizkusi 

Clinicaltrial.gov

Register kliničnih preizkusov v ZDA.

EU Clinical Trials Register

Podatkovna baza kliničnih preizkusov v Evropski uniji. 

Global Clinical Trial Tracker

Klinični preizkusi  vezani na  COVID-19 po svetu.

International Clinical Trials Registry Platform

Podatkovna baza klničnih preizkusov, ki ji beleži WHO. Poglejte tudi https://apps.who.int/trialsearch/.

LEOSS register

Anonimiziran register s podatki iz 200 bolnišnic o  COVID-19 pacienti.

Epidemiološki podatki in podatki o mobilnosti 

COVID-19 Global Forecasting Kaggle Competition

Učni in tesrtni podatki za tedenska tekmovanja v napovedovanju   novih primerov in smrti zaradi COVID-19.

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

Poročila o  COVID-19 primerih po svetu.

GISAID/Nexstrain genomic epidemiology

Razvoj in razširjanje genotipov SARS-CoV-2 po vsem svetu.

Poglejte tudi https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/.

Google Mobility Reports

Podatki o mobilnosti oseb v času pandemije COVID-19 na podlagi podatkov iz Google Maps.

Apple Mobility Trends

Podatki o mobilnosti oseb v času pandemije COVID-19 na podlagi podatkov iz Apple Maps.

Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME) - COVID19 Projections

Predikcije primerov, testiranj, smrti in zahtevanih bolnišničnih virov. 

Johns Hopkins COVID-19 Dashboard

Poglejte tudi https://systems.jhu.edu/research/public-health/ncov/.

Our World in Data

 COVID-19 statistika po svetu.

UNCOVER COVID-19 Challenge

Ta podatkovna zbirka je zbirka več kot 200 javno dostopnih nizov podatkov COVID-19 iz virov, kot so Johns Hopkins, WHO, Svetovna banka, New York Times in mnogi drugi. Vključuje podatke o najrazličnejših statističnih podatkih in kazalcih, kot so lokalne in nacionalne stopnje okužbe, globalne politike socialnega distanciranja, geoprostorski podatki o gibanju ljudi in drugo. Podatki prihajajo iz tekmovanja Kaggle, ki ga organizira Roche Data Science Coalition (RDSC), ki vključuje številne naloge, ki so jih razvili in ocenili svetovni ponudniki zdravstvenih storitev, bolnišnice, dobavitelji in oblikovalci politik.

Slikovni podatki

Strukturirani podatki

Deepmind structure predictions

Structure predictions for COVID-19-related proteins from AlphaFold.

Xchem fragment screen data

Results from a large crystallographic fragment screen against the SARS-CoV-2 main protease (MPro, PDB ID: 6YB7) conducted by XChem at the Diamond Light Source.

Družboslovni podatki

Arhiv družboslovnih podatkov (ADP)

Podatki za analizo družbenih vidikov bolezni COVID-19 so shranjeni v Arhivu družboslovnih podatkov. V tematski zbirki podatkov COVID-19 so uporabnikom na voljo metapodatki, podatki in spremna dokumentacija raziskav. Narejen je tematski pregled raziskav iz kataloga ADP, ki jih je mogoče povezati z aktualnimi razmerami.

Podatki o COVID-19 v katalogu CESSDA

V konzorciju CESSDA so na temo Covid-19 objavili pregled podatkov in projektov s področja družboslovja iz različnih evropskih držav.

Shranjeni podatki o COVID-19 na ICPSR, ZDA

Na osrednjem podatkovnem arhivu za družboslovje v ZDA prevzemajo podatke o družbnih vidikih v obdobju pandemije.

Tools and other resources

Artificial intelligence models

COVID_BERT_base model

A BERT base model fine-tuned on COVID-19-related texts for natural language processing.

Other COVID-19 tools

COVID-19 Cell Atlas

Repository for cell-specific expression data.

COVID-19 Disease Map

The COVID-19 Disease Map is an assembly of molecular interaction diagrams, established based on literature evidence. The focus is on host-pathogen interactions specific to the SARS-CoV-2 virus.

General tools

BIAFlows

BIAFLOWS is an open-source web platform to benchmark and reproducibly deploy Bio Image Analysis (BIA) workflows.

Bioimage Informatics Search Engine (BISE)

BISE is a search engine for tools, training materials and data for bioimage analysis.

ImJoy

ImJoy is a plugin powered hybrid computing platform for deploying deep learning applications such as advanced image analysis tools.

scispaCy

scispaCy is a Python package containing spaCy models for processing medical text.

spaCy

spacy is a natural language processing library which integrates deep learning models for a variety of text analysis tasks.

Discussion groups, online workshops, networks

Crowdfight COVID-19

A platform that connects COVID-19 researchers with expert volunteers from various domains.

Data against COVID-19 forum

A forum that connects clinicians, virologists, immunologists with machine learners, bioinformaticians, epidemiologists and statisticians. For posting questions and finding collaborations.

ELLIS against COVID-19 online workshops

This series of online workshops presents projects on how to tackle COVID-19 using methods of machine learning and AI, carried out by leading international researchers. Research topics include outbreak prediction, epidemiological modelling, drug development, viral and host genome sequencing, and health care management. Meetings can be attended by live streaming or watched as recordings.

Image.sc Forum

The forum’s focus is software-oriented aspects of scientific imaging, particularly (but not limited to) image analysis, processing, acquisition, storage, and management of digital scientific images. It is the primary discussion forum of the bioimaging community.

NEUBIAS

NEUBIAS is a network of bioimage analysts in Europe, aiming at strengthening the bridge between life science, computer science and digital image processing. It also offers many training activities including online workshops and a YouTube channel.

Training and teaching resources

ELLIS against COVID-19

Recordings from workshops presenting different AI projects related to COVID-19.

Galaxy Training

Collection of tutorials developed and maintained by the worldwide Galaxy community.

NEUBIAS youtube channel

Videos related to bioimage analysis.

Aitslab COVID-19 Resource List

List of COVID-19 resources curated by the Cell Death, Lysosomes and Artificial Intelligence Group at Lund University.

data-against-covid.org community wiki

A list of data, services and other resources compiled by the data-against-covid.org community.

CDC Link list

Secondary data and statistics sources for COVID-19 researchers compiled by the CDC.

Open-Source-COVID-19

A global collection of Open Source projects related to COVID-19.

Hack the Crisis – Inspiration & resources

A list of resources compiled to support participants of the Swedish Hack the Crisis hackathon.

COVID-19 Biohackathon Resources

A list of resources compiled to support participants of the COVID-19 Biohackathon.

COVID-19 Research Funding Monitor

A curated list of open funding calls and other support for researchers, non-profit organizations and commercial organizations, specifically for COVID-19 research.